Enfeksiyon Hastalıklarına Bilişsel Destek

YUNUS EMRE GÜNAYDIN - Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsünce (GYTE) yürütülen proje kapsamında enfeksiyon hastalıklarına yönelik deney sonuçları ve bulguların tek elde toplandığı web platformu "PHISTO" oluşturuldu.

GYTE Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Saliha Durmuş Tekir, AA muhabirine mikroorganizmalar, patojenler, virüsler, bakteriler ve parazitler insan vücuduna girdiğinde normal işleyen mekanizmanın bozulmasına ve hastalığın ortaya çıkmasınayol açtığını söyledi.

Enfeksiyon hastalıklarının, dünyadaki ölümlerin yüzde 20'sinden fazlasına neden olduğunu anlatan Tekir, tıptaki bütün gelişmelere rağmen, 21. yüzyılda hala insanlığı tehdit eden birçok enfeksiyon hastalığı bulunduğunu vurguladı.

"AIDS, grip, Batı Nil virüsü, sıtma sadece bunlardan birkaçı ve sürekli yenilerinin ortaya çıktığını gözlemlemekteyiz" diyen Tekir, enfeksiyon mekanizmalarını oluşturan patojen-konak ve protein-protein etkileşimlerini ele alan makalelerin yıllara göre artış gösterdiğine değindi.

Çözülememiş enfeksiyon mekanizmalarını aydınlatabilmenin ancak organizmalar arası protein etkileşim ağlarının kapsamlı analiziyle mümkün olduğuna dikkati çeken Tekir, sözlerini şöyle sürdürdü:

"Burada da klasik antibiyotik ilaç tedavi mekanizmalarında olduğu gibi direkt patojenik mikroorganizmayı hedef almak yerine, bu mikroorganizmaların konak organizmada kullandıkları mekanizmalarla bağlantılarını kesebilmek, yeni nesil antimikrobiyal tedavi mekanizmalarının odak noktasıdır. Bu durum ilaç direnci geliştirmeden ya da çok kolay geliştirmelerine engel olarak daha etkin tedavi yöntemi sunabilecektir.

Yeni nesil antibiyotik ilaç hedefi belirleme amaçlı çalışan araştırmacılara sunmak üzere PHISTO adında web platformu geliştirdik. PHISTO'nun fonksiyonel ve kullanıcı arayüzü kapsamlı güncel datasını sunmaktayız. Bununla birlikte hesaplamalı biyoinformatik analiz araçlarıyla enfeksiyon mekanizmalarına biyobilişsel tabanlı bakış saplayarak, ilaç hedefi bulmaya yönelik farmakolojik araştırmalara hizmet sunmayı hedeflemekteyiz."

"Ortalama bir ilacın bütçesi 900 milyon dolar"

Tekir, geliştirdikleri "phisto.org" portalında insanlarla "adenovirüsler" arasındaki protein etkileşimlerini tabloyla gösterdiklerini, protein etkileşim deneylerini derleyip sunduklarını dile getirdi.

İlaç hedefi olabilecek noktaları belirleyerek, analizleri platforma eklemek için çalıştıklarını vurgulayan Tekir, şunları kaydetti:

"İlaç geliştirme çalışmalarının çok uzun zaman aldığını, çok para harcandığını bilmekteyiz. Ortalama ilacın başlangıç aşamasında, araştırma geliştirme çalışmalarında ortalama 10 -12 yıllık süreç geçtiğini, 900 milyon ile 1 milyar dolar arasında bütçe harcandığını bilmekteyiz. İlaç geliştirme çalışmaları son noktaya gelene kadar PHISTO ile sunmaya çalıştığımız biyoinformatik hesaplamalarla potansiyel ilaç hedeflerini belirleyip, sonrasında deneylere başlamanın ortalama yüzde 30 seviyesinde kazancı olabileceği düşünülmektedir. Zaman ve para açısından ilaç geliştirme deneylerine katkısı olduğunu bilmekteyiz."

"Amerika ve Avrupa'daki üniversite araştırma grupları tarafından kullanılıyor"

Tekir, dünya biyoinformatik pazarının çok büyük olduğunu ve büyümeye de devam ettiğini aktararak, bu tarz araştırmalara ihtiyacın giderek arttığını dile getirdi.

Enfeksiyon mekanizmalarını patojenik mikroorganizmalarla insan ve diğer konak organizmalar arasındaki protein etkileşimleri boyutunda incelenmesine olanak sağlamayı hedeflediklerine işaret eden Tekir, "Şu anda deneysel olarak bulunmuş bütün verileri kapsamayı hedefliyor, bazı biyoinformatik analiz araçları sunuyor. Özellikle Amerika ve Avrupa'daki üniversite araştırma grupları tarafından kullanılıyor ve artma eğilimi gösteriyor. Deneysel olarak bulunmuş verileri otomatik derleyip yüklüyoruz. Sonraki aşamalarında deneyi yapan laboratuvarlarla iletişime geçerek sisteme girişini sağlamayı amaçlıyoruz" ifadesini kullandı.

İnternet sitesinde 20 binin üzerinde veri bulunduğuna değinen Tekir, konuşmasını şöyle tamamladı:

"Daha önceden deneysel olarak bulunmuş ve makaleler halinde yayımlanmış olmasına rağmen, derli toplu bir yerde bulunmuyordu. Birçok veri tabanında farklı ortamlarda bulunmaktaydı. PHISTO ile bu verileri derleyerek, patojen insan odaklı çalışan araştırmacılara kapsamlı ve güncel kaynak sunmaktayız. Bununla enfeksiyon mekanizması hakkında daha fazla bilgiye sahip olabiliyoruz. Ağ yapılarının kapsamlı analiziyle daha fazla bilgiye sahip olup, hangi nokta enfeksiyon mekanizmalarının tedavisinde etkili, ilaç hedefi olabilecek, bunun üzerine çalışıyoruz." - Kocaeli