Türbede sedef kakmalı şebekelerle çevrelenmiş on bir sanduka vardır. Şeyh Yahya Efendi'nin yanı sıra, Kanuni Sultan Süleyman'ın kızı Raziye Sultan, oğlu İbrahim Efendi, annesi Afife Hatun, Sultan II. Abdülhamid'in kızı Hatice Sultan ve oğlu Bedreddin Efendi, Şeyh Mehmed Nuri Şemseddin Efendi, Şeyh Hasan Efendi, Şeyh Yahya Efendi'nin küçük oğlu Şeyh Ali Efendi, Derviş Ali, Yahya Efendi'nin eşi Şerife Hatun da burada yatmaktadır.